장기보유특별공제 개정안 시뮬레이션 분석 양도세 최대 10억 원 증가 사례 정리
2026년 4월 27일 발의된 장기보유특별공제 개정안은 비주택 자산 공제 폐지, 표2 보유기간 인정 제외, 비거주자 공제 폐지를 핵심으로 합니다. 동일 매도가 90억 원 1세대 1주택 비과세 시뮬레이션에서 거주 1년·보유 15년 사례는 양도세가 약 23억 원에서 약 33.5억 원으로 10억 원가량 증가합니다. 거주 5년·보유 15년 사례는 약 13억 원에서 약 19.8억 원으로 상승하며, 거주 10년·보유 15년 사례는 약 6억 원 수준에서 변동이 없습니다. 공동 발의 의원 수는 2명에서 7명, 13명으로 늘어나는 추세이며, 7월 세제개편 반영과 9월 정기국회 통과를 거칠 경우 2027년 1월 1일 이후 양도분부터 시행될 가능성이 거론됩니다.
1. 현행 장기보유특별공제 두 가지 표 비교
| 구분 | 표1 | 표2 |
|---|---|---|
| 적용 자산 | 모든 부동산 (주택·토지·상가) | 1세대 1주택 고가주택 12억 원 초과분 |
| 연 공제율 | 2% | 보유 4% + 거주 4% |
| 최대 공제율 | 30% (15년 보유) | 80% (10년 보유 + 10년 거주) |
| 적용 기준 양도분 | 2019년 이후 | 2021년 이후 (보유·거주 분리) |
| 최소 보유 요건 | 3년 이상 | 3년 이상 |
12억 원 초과 1세대 1주택 비과세 매물의 과세 대상 양도차액은 「전체 양도차익 × (양도가 − 12억 원) ÷ 양도가」 식으로 산정됩니다. 보유 3년 미만이면 공제율은 모든 구간에서 0%로 처리됩니다.
2. 개정안 3대 변경 사항
| 변경 항목 | 현행 | 개정안 |
|---|---|---|
| 비주택 자산 표1 | 보유 15년 최대 30% | 공제 폐지 |
| 표2 보유기간 인정 | 보유 10년 최대 40% 별도 인정 | 보유기간 미인정, 거주 기간만 반영 |
| 표2 거주 구간 | 1년 4% 적용 | 2년 이상 3년 미만 16%, 3년 이상부터 연 8%, 최대 80% |
| 비거주자(해외 체류) | 표1 적용 가능 | 공제 폐지 |
표1이 폐지되면 상가·토지·건물에 대한 장기보유특별공제 자체가 사라지며, 표2 개정 시 보유 15년이라도 거주 1년이면 공제율 0%, 거주 2년이면 16%로 축소됩니다.
3. 90억 원 매도 비과세 시뮬레이션 (취득가 10억 원)
전제 — 양도가 90억 원, 취득가 10억 원, 양도차익 80억 원, 과세 대상 양도차액 약 69.3억 원, 필요경비 제외, 지방세 포함 기준.
| 거주·보유 조합 | 현행 공제 구성 | 현행 양도세 | 개정 후 공제 구성 | 개정 후 양도세 | 증감 |
|---|---|---|---|---|---|
| 거주 1년·보유 15년 | 표1 30% | 약 23억 원 | 0% (표1 폐지) | 약 33.5억 원 | +약 10억 원 |
| 거주 5년·보유 15년 | 표2 거주 20% + 보유 40% = 60% | 약 13억 원 | 표2 거주 40% | 약 19.8억 원 | +약 7억 원 |
| 거주 10년·보유 15년 | 표2 거주 40% + 보유 40% = 80% | 약 6억 원 | 표2 거주 80% | 약 6억 원 | 변동 없음 |
거주 10년을 충족한 사례는 영향이 없고, 거주 기간이 짧을수록 부담 증가폭이 커지는 구조가 형성됩니다.
4. 40억 원 매도 시뮬레이션 (취득가 10억 원)
| 거주·보유 조합 | 공제율 (현행) | 과세 대상 양도차액 | 양도세 (지방세 포함) |
|---|---|---|---|
| 거주 2년·보유 2년 | 0% (3년 미만) | 약 21억 원 | 약 10억 원 |
| 거주 5년·보유 5년 | 40% | 약 21억 원 | 약 5억 4,900만 원 |
| 거주 10년·보유 10년 | 80% | 약 21억 원 | 약 1억 5,500만 원 |
보유 3년 미만은 장기보유특별공제 자체가 적용되지 않아 비과세 매물이라도 거주·보유 요건 미충족 시 약 10억 원 규모의 양도세가 발생합니다. 같은 양도차익이라도 거주·보유 조합에 따라 양도세 격차가 약 8억 5천만 원에 달합니다.
5. 일정·적용 기준·관련 제도
| 항목 | 내용 |
|---|---|
| 개정안 발의일 | 2026년 4월 27일 |
| 공동 발의 의원 수 추이 | 2명 → 7명 → 13명 |
| 반영 예상 시점 | 2026년 7월 세제개편안 |
| 통과 예상 시점 | 2026년 9월 정기국회 |
| 시행 예상 시점 | 2027년 1월 1일 이후 양도분 |
| 적용 기준 | 취득일이 아닌 양도일 기준 |
| 상생임대주택 영향 | 소득세법 시행령 제155조의3에 따라 거주요건만 면제 → 표1 폐지 시 공제 0% 가능 |
| 등록임대주택 영향 | 조세특례제한법 별도 규정 → 동반 개정 필요 |
상생임대주택은 표2 거주요건 면제 효과만 부여하므로 표1까지 폐지되면 보유 10년이라도 공제 자체가 사라질 수 있는 구조입니다.
6. 결론
장기보유특별공제 개정안은 보유 기간이 길더라도 거주 기간이 짧은 1세대 1주택 고가주택에서 양도세 부담이 급격히 증가하는 구조를 만듭니다. 거주 10년을 충족한 사례는 영향이 없으나 거주 1∼5년 구간은 양도세가 7억∼10억 원가량 증가할 수 있습니다. 적용 기준은 취득일이 아닌 양도일이 될 가능성이 거론되므로 보유·거주 요건 충족 여부 점검과 매도 시점 판단이 중요해집니다. 상생임대주택은 거주요건만 면제하는 구조라 표1 동반 폐지 시 공제 전무 상태가 될 수 있고, 등록임대주택은 조세특례제한법 별도 개정이 따르지 않으면 영향이 제한적입니다.