권고사직으로 받는 위로금 세액 처리 방법, 문제 없을까요?

부서 폐지로 권고사직을 하게 된 6년 차 직장인입니다. 퇴직 조건으로 [위로금 5개월치 + 추가 합의금 400만 원]을 받기로 합의했는데, 인사팀의 세액 처리 방식이 조금 의문스럽습니다. 합의서에는 금액과 지급 방식이 명시되어 이미 사인을 했지만, 퇴직금을 '상여(근로소득)'으로 처리할 경우 소득세율 상승과 4대 보험료 추가 부과 문제가 발생할 수 있다고 하는데, 이게 올바른 조치일까요? 세법상 '퇴직소득'에 해당하는 위로금이 '상여'로 처리되는 것이 합법적인지, 그리고 이미 사인을 한 합의서를 세무 처리 방식의 부당함을 이유로 수정하거나 돌려받을 수 있는지요? 또한, 합의서가 '회사 기밀'이라며 사본 제공을 거부하고 있는데, 이게 제 권리를 침해하는 건 아닌지 궁금합니다. 인사부장은 이미 사인했으니 걱정하지 말라고 하지만, 제 권리를 지키고 싶습니다. 전문가분들의 소중한 답변을 기다리겠습니다.