세무서에서 받은 소득세 알림에 대한 의문

소득세 관련해서 질문이 있습니다. 올해 소득세 알림을 받았는데 종합소득세가 1150만원, 지방소득세가 105만원 정도인데요. 2023년에 물류일을 한 적이 있는데, 친구회사에서 3.3%만 받고 일급을 받았는데도 3300만원을 받아서 문의 드렸더니 친구회사는 4대보험을 적용했지만 신고는 3.3%만 했다고 합니다. 세무서에서는 기간 연장을 신청하라고 하고 세무대리인을 끼고 다시 신고를 하라고 하는데, 이 경우 종합소득세와 지방소득세가 줄어들 가능성이 있을까요? 그리고 수입이 세금 신고 내역과 다르게 나와도 5천만원에서 7천만원 사이라면 세금 차이가 크게 나지 않을까요? 마지막으로, 2023년 세금이 2025년 하반기에 날라온 이유가 무엇인가요?