법인차량 개인에게 양도시 양도증명서 작성 시 주의사항

회사 소유 차량을 개인에게 직거래로 양도하려고 합니다. 매매대금은 1000만원으로 정해졌고, 이를 법인통장으로 입금받을 예정입니다. 하지만 양도증명서에는 매매대금을 1000만원이 아닌 공급가액인 909만원으로 적어야 하는지 궁금합니다. 또한, 매수인에게는 법인통장으로 1000만원을 입금받는 것이 올바른 절차인지요? 세금계산서는 부가세를 포함한 1000만원으로 발행하고 싶지만, 양도증명서와의 금액 차이로 인한 문제가 우려되어 문의드립니다. 세금계산서를 부가세를 포함한 1000만원으로 발행하려면 양도증명서에는 909만원을 써야 하는지, 그렇다면 이후 매수인에게 1000만원을 받는 것이 적절한 조치일지요? 세금 문제로 인해 혼란스러우니 답변 부탁드립니다. 또한, 양도증명서에 매매대금을 1000만원으로 적고 특약을 넣으면 올바른 절차일지도 궁금합니다. 부가세를 포함한 1000만원이 매매대금임을 명시하는 것이 중요합니다.