퇴사자 연말정산 문제, A회사에서 해주어야 하는 건가요?

회사가 운영사가 변경되면서 25년 12월 31일까지 A회사에서 일한 뒤, 26년 1월 1일부로 B회사로 변경되었습니다. A회사에는 12월 31일에 24명이 퇴사한 것으로 기록되어 있는데, A회사에서는 기본공제만 적용하여 연말정산을 해주고, B회사에서는 25년도 귀속분 근로에 해당사항이 없다고 하여 5월에 종합소득세를 신고하라고 합니다. 하지만 원칙적으로 12월 31일까지 A회사에서 재직한 상태이므로 A회사에서는 연말정산 공제를 모두 적용하여 해주어야 하는 것이 맞을까요? 이 문제로 근로자들이 생계 문제로 인해 반발하고 있어서 대표로 문의를 남깁니다. A회사에서 해줘야 한다면 어떤 법령 근거가 있으며, 지급명세서를 불성실하게 제출하는 경우 1%의 가산세를 부과해야 하는지 알려주실 수 있나요? 또한, 모든 근로자가 개인적으로 종합소득세를 신고해야 하는지, 회사에서 신고하지 않아도 되는 근거 규정이 있는지 궁금합니다.