회사 회계처리 방식에 대한 의문

회계 처리 방식에 대해 문의사항이 있어서 남깁니다. 현재 국책 과제를 진행하고 있는 작은 회사에서의 상황을 시간 순서대로 설명하고자 합니다.

1. 1월에 월급을 받았습니다.

2. 몇 날 후에 연구수당으로 찍힌 별도의 금액을 1월에 받았습니다.

3. 2월에 받은 급여명세서에는 지급 금액 외에 ‘부정기 상여’ 항목으로 연구수당과 동일한 금액이 찍혀 있습니다.

4. 동일한 급여명세서에 공제 항목으로 ‘선지급정산’ 항목이 있어서 연구수당과 동일한 금액이 찍히고 있습니다.

5. 총 지급 급여액은 월급과 연구수당이 합쳐져서 지급되어서 공제되는 항목의 금액이 증가하게 되었습니다(소득세, 국민연금 등).

6. 결과적으로 실제 지급되는 금액은 감소하게 되었습니다.

제가 궁금한 점은 연구수당을 이렇게 처리하여 공제 항목의 금액이 증가하는 것이 맞는지에 대한 의문입니다. 연구수당 금액은 77만원입니다.