퇴사 후 이직 후 연말정산 관련 질문

전 직장에서 5월부터 8월까지 다니다가 퇴사를 하고, 연말정산을 받아서 퇴사 다음 달 월급에 연말정산 소득세로 쓰여 있는 환급금을 받았어요. 그리고 현재 회사에는 9월에 입사했습니다. 연말정산을 하지 않고 제가 직접 5월에 신고 중이었는데(모두 채움 신고), 전 직장과 현재 직장 소득을 선택하는 항목이 있었어요. 전 직장에서 연말정산을 해주었기 때문에 전 직장 소득은 체크하지 않아도 되나요? 전 직장 소득도 체크해서 신고했더니 50만원을 납부하라는 통지가 왔는데, 잘못된 것 같아요. 현재 직장의 원천연수증은 마이너스 25만원이고, 전 직장의 원천영수증은 마이너스 18만원(퇴사 시 환급 받았음)이에요. 환급을 받아야 할 것 같은데 50만원을 납부해야 한다니요. 전 직장 소득도 체크한 게 잘못된 걸까요? 전 직장 소득을 제외하고 재신고해볼까요?