회사에서 세금 처리 후 문제 발생 시 신고 방법은?

감사 지적으로 인해 23~25년도분 수당 300만 원을 사비로 반납한 후 회사에서 잡수익 처리를 완료했습니다. 2025년 연말정산 시 총급여에서 전액 차감하는 방법이 있다고 하는데, 이렇게 하더라도 세무상 문제가 없는지 궁금합니다. 매월 신고한 원천세 합계와 지급명세서상 총급여가 달라지면 어떤 문제가 발생할 수 있을까요? 문제가 있다면 어떤 방법으로 신고해야 하는지 알고 계신가요?