회사 월세지원 연말정산 관련 질문

회사에서 매달 40만원을 받아 월세지원을 받고 있는데, 이 지원금이 상여금에 포함돼 과세 대상이 되고 있다고 합니다. 회사 연말정산팀에 문의했을 때, 과세된 금액이라면 월세 50만원 전액에 대해 세액공제가 이뤄질 것이라고 하고, 월세지원 담당자는 실제로 지불한 월세액에 대해서만 세액공제가 이뤄진다고 합니다. 따라서 월세가 50만원이라면 지원금 40만원을 제외한 10만원에 대해서만 세액공제가 이뤄진다고 합니다. 두 가지 설명 중 어떤 것이 맞는지요?