부가세 환급을 위한 경정청구 시 환급 절차 및 시간은?

자영업자 2년차인데, 작년에 상반기 부가세를 신고할 때, 매입을 2000만원가량 누락시켜 부가세를 몇백만원을 납부했습니다. 그리고 최근 하반기 부가세를 신고하려는데, 세금이 예상보다 많이 늘어나서 의심스러워졌습니다. 확인 결과 용역값과 서비스료만 계산되고 원자재비용은 전혀 반영되지 않았습니다. 결제 내역을 바탕으로 매입액을 정정하여 경정청구했습니다. 대형 업체에서 온라인으로 결제한 내역이기 때문에 별도의 영수증은 없고, 대신 각 사이트에 기록이 남아있습니다. 이렇게 신용카드 결제건만을 등록하여 경정청구를 진행해도 환급이 원활하게 처리되는지, 그리고 소요 시간은 평균적으로 얼마나 걸리는지 궁금합니다.