자가주택으로 변경 후 연말정산 월세 공제 받을 수 있을까요?

이번에 공공민간임대 주택에서 자가주택으로 변경했는데, 연말정산 때 월세 공제를 받을 수 있는지요? 보증금 1억9천/55만원 정도를 거주하다가 6년째인 올해 3월에 분양전환되어 남은 금액은 대출을 받아 소유권을 변경했습니다. 그동안 프리랜서로 일했는데 4대보험에 가입하지 않아 연말정산 시 공제할 것이 없었는데, 올 하반기부터 4대보험에 가입한 직장에 다니고 있습니다. 회사 세무 담당자가 연말정산 서류를 요청하여 PDF 파일을 제출했는데, 홈텍스에서 월세나 관련 공제 사항은 별도로 확인하라는 안내가 있었습니다. 자가주택으로 변경한 경우 월세 공제를 받으려면 어떻게 해야 할까요? 따로 신청해야 하는 건가요? 시스템상으로 자동으로 계산되는 건가요? 궁금합니다.