연말정산과 종합소득세 신고 관련 질문

40대 여성이고 현재 정규직으로 연봉을 받으며 일하고 있습니다. 월세를 내면서 회사에서 연말정산 시 간소화 자료를 요청했는데, 월세 공제 자료를 제출하지 않았습니다. 이것이 문제가 될 수 있을까요? 월세는 약 45만원 정도이며, 따로 종소세 신고할 때 월세를 개인적으로 신고할 예정인데, 이 내역이 내년 연말정산이나 추후 회사에서 알 수 있는지 궁금합니다.