대학생 아르바이트생의 연말정산과 급여 관련 궁금증

딸이 대학생이자 PC방에서 아르바이트를 한 지 1년이 되었습니다. 2군데에서 일한 경력이 있는데 받은 금액이 상당히 많다고 생각하셔서 연말정산을 해야 할지 궁금해하고 계시네요. 딸의 급여명세서를 확인해보니 갑근세 외에도 건강보험료, 국민연금, 고용보험료 등이 모두 월급에서 공제되어 계산된 것으로 보입니다. 그러나 홈택스를 통해 확인해보니 이전 다녔던 PC방에서는 고용보험료만 공제된 것으로 나오고, 현재 다니고 있는 PC방에서는 월급에서 12만원 정도가 공제되고 있으며 나머지 건강보험료, 국민연금, 고용보험료가 모두 납부되지 않은 상태로 표시되고 있습니다. 이게 올바른 것인지 궁금합니다. 혹시 공단에 납부를 하지 않고 공제만 한 것인가요? 아니면 제가 무엇을 잘못 이해하고 있는 걸까요? 이에 대해 아시는 분들의 조언이나 정보를 얻을 수 있을까요?