주택임대료 세금계산서 발행과 부가가치세 신고 방법

부부가 합산하여 보유한 1주택 중 기준시가가 12억 미만인 상가주택(주택>상가)의 일부분을 연간 임대료로 받았습니다. 주택부분의 임대료는 면세 대상이라고 알려져 있습니다. 그러나 임차인인 법인이 세금계산서를 요구하여 전자세금계산서를 발행했습니다. 사업자로 등록된 일반 과세자는 도소매, 제조, 부동산업 등을 영위하고 있었으나, 임차인의 요구로 주거용 건물임대업(701102) 종목을 추가하여 전자세금계산서를 발행했습니다. 이제 부가가치세 신고서를 작성 중인데, 주택임대료를 매출액에 포함하면 과세표준 명세에 임대료가 합산되는 것으로 확인되었습니다. 주택부분의 임대료가 면세이지만 세금계산서를 발행했기 때문에 부가가치세는 납부해야 합니다. 그러나 과세표준에서 주택부분 임대료를 제외함으로써 종소세 부담을 경감할 수 있는 신고 방법을 알고 싶습니다.