중소기업 소득세 감면을 받았더라도 연말정산 시에는 근로소득세액공제, 보험료 공제 등 다른 항목들이 반영되어 추가 납부할 세금이 발생할 수 있어요. 감면받은 소득세는 원천징수 기준으로 적용되지만, 연말정산에서는 실제 소득과 공제 내역을 종합하여 세액을 재계산하기 때문입니다. 특히 소득세 감면은 소득에서 일정 비율만 세액을 감면하는 것이고, 다른 공제항목이나 과세표준 변동에 따라 세금 차이가 날 수 있어요. 이미 감면받은 금액이 원천징수 세액에 포함돼 있어도 연말정산 결과는 별도로 산출됩니다. 따라서 추가 세금이 나오는 것은 연말정산 과정에서 다른 소득이나 공제 상황이 반영된 정상적인 현상입니다.