연말 정산 시, 회사 두 개 다닌 경우 어떻게 해야 할까요?

올 해에는 두 군데 회사에서 일했는데, 한 회사는 근로소득 영수증을 받지 못할 것 같아서 개인적으로 신고할 예정입니다. 현재 다니고 있는 회사에서는 ‘나하고 nahago?’로 처리하겠다고 하는데, 이 경우 어떻게 해야 할지 궁금합니다. 지금 다니는 회사는 나하고 nahago로 처리하고, 짧게 다녔던 회사는 홈택스를 통해 신고하면 되는 걸까요? 현재 다니는 회사에서는 이 사실을 모르고 있는 걸까요?