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홈택스 연말정산 종전근무지 입력 관련 문의


제가 회사에서 연말정산 업무를 맡아 진행 중인데요. 최근 새로 입사한 직원의 경우, 전 근무지 원천징수영수증을 토대로 연말정산 자료를 작성 중입니다. 현재 홈택스에서 종전 근무지 급여와 결정세액을 입력하고, 현 근무지인 2025년 2월 5일부터 12월 31일까지의 급여와 지불한 소득세, 지방소득세를 기록한 후 직원이 제출한 국세청 연말정산 자료를 참고하여 나머지 항목을 작성하고 있습니다. 그런데 건강보험료 부분에서 조금 혼란이 있습니다. 국세청 자료에는 1월부터 12월까지 매달 납부한 건강보험료와 총액이 표기되어 있는데, 전 근무지 원천징수영수증에 건강보험료가 이미 기재되어 있을 경우, 현 근무지에서 납부한 건강보험료 중 전 근무지 부분을 제외한 2월부터 12월까지의 금액만을 ‘건강보험료(국세청 자료)’란에 입력해야 할지, 아니면 국세청 자료에 표시된 1월부터 12월까지의 전체 금액을 그대로 입력해야 하는지 궁금합니다. 또는 현 근무지 건강보험료(2월부터 12월까지)만 국세청 자료란에 입력하고, 전 근무지에서 납부한 건강보험료는 다른 자료란에 기재해야 하는지에 대한 처리 방법을 알고 싶습니다. 중복 공제나 누락을 방지하며 정확한 처리 방법에 대한 답변을 부탁드립니다. 그리고 전 근무지 건강보험료를 제외하고 입력하는 것이 맞다면, 이전에 전 근무지에서 낸 건강보험료를 모두 합쳐 현 근무지 입력란에 신고한 적이 있는데, 이로 인해 문제가 발생할 가능성이 있는지에 대한 답변도 부탁드립니다. 감사합니다. 혹시 제가 재작년에 한 직원의 연말정산 신고 시 전 근무지 건강보험료를 포함하여 신고했던 사실이 나중에 큰 문제가 될 수 있을까요?

댓글 (1) >
  • 세금할인소소하게챙김 2026.01.22 20:27 활동회원

    국세청 자료에 있는 전체 금액을 그대로 입력하면 과다 신고가 될 수 있으니, 전 근무지에서 건강보험료를 제외한 ‘과세 보수총액’만을 입력해야 합니다. 만약 연동 오류나 정보 불일치가 있을 경우에도 비과세 제외한 과세액 기준으로 직접 보수총액을 신고해야 합니다. 또한, 연말정산 산출내역서에서 보수총액이 ‘0’으로 표시되면 ‘미신고’ 처리될 수 있으니, 4월 15일까지 직접 보수총액을 신고해야 할 수도 있습니다. 이때, 보수총액 신고 시 ‘미신고’ 표시가 나타날 수 있으니, EDI 조회로 확인하는 방법을 참고하시기 바랍니다.