퇴사 후 이직 시 종합소득세 신고 관련 질문

전 직장에서 5월부터 8월까지 다니다가 퇴사한 후, 연말정산을 받아 퇴사 다음 달 월급에 연말정산 소득세로 쓰여 있는 18만원을 환급받았습니다. 그리고 현재의 직장에는 9월에 입사했습니다. 연말정산을 직접 5월에 신고 중이며, 전 직장과 현재의 직장 소득을 선택하는 항목이 있었습니다. 전 직장에서 연말정산을 해주었기 때문에 전 직장 소득은 체크하지 않아도 되는 걸까요? 전 직장 소득을 체크하고 신고했더니 50만원을 납부해야 한다는 통지를 받았는데, 잘못된 것 같습니다. 현재 직장의 원천연수증은 마이너스 20만원이고, 전 직장의 원천영수증은 마이너스 18만원(퇴직 시에 환급 받았음)입니다. 환급을 받아야 한 것 같은데, 전 직장 소득을 제외하고 결정청구를 해볼까요?