직장인인데 개인사업자로 전환하면서 궁금한 사항

현재 근로 중인 직장인입니다. 최근 인터넷 쇼핑몰을 오픈해보려고 하는데, 사장님께서 개인 사업자로 전환하면 세금 면제 혜택을 받을 수 있다고 하셨습니다. 제가 알기로는 퇴사 처리를 하지 않고도 계속 재직 중인 상태에서도 사업자로 활동할 수 있다고 들었습니다. 그런데 퇴사 후 사업자로 활동할 경우, 연말 정산과 종합소득세 신고에 대해 부정적인 영향을 받을 수 있을까요? 또한, 사장이 되어 카드나 현금 영수증 등을 사용할 때, 연말 정산을 진행할 수 없고 종합소득세 신고 시 예상되는 금액을 받지 못할 수도 있는 건가요? 사업자로 활동하면서 근로자로 받았던 연말 정산금액이나 퇴직금을 받지 못해야 한다면, 어느 정도의 월급을 받아야 할까요? 그리고 이에 대한 다른 처리 방법이나 유리한 점이 있는지 알고 계신 분이 계시다면 조언 부탁드립니다.