직원 연말정산 중소기업청년감면 기한 문제

직원이 25년 1월에 입사한 후 연말정산 서류로 중소기업청년감면신청서를 제출했지만, 종료일이 25년 4월이었습니다. 홈택스에서 기한이 지났다고 알려주는 상황인데, 이에 대해 회사가 감면을 제공할 수 없는지 궁금합니다. 직원이 입사할 당시 신청을 해야 했던 것일까요? 이제와서 처리하려 하지만 홈택스에서 막힌 상황입니다. 이러한 경우 회사는 감면을 제공하지 않고 연말정산만 진행해야 하는 건가요? 직원에게는 어떤 안내를 해주어야 할지 궁금합니다.