중소기업 소득세 감면 신청 관련 궁금증

중소기업 소득세 감면 신청은 되어있고 명세서도 확인했습니다. 그런데 연말정산이나 급여 시에 감면을 받은 적이 없어 보입니다. 근로소득 원천징수를 확인해봐도 감면이 적용된 적이 없었고, 홈택스에서 경정청구를 하려는데 일반청구를 해야 한다고 합니다. 또한, 3.3에서 5년치 종합소득신고 환급을 받아서 서면으로 신청해야 한다는데, 대리인을 통해 처리할 수 있는지 궁금합니다. 이 과정이 올바른지 틀렸는지 확실하지 않아서 막막합니다.