주 15시간 이상 근무하면서 3.3%로 4대보험 적용, 연말정산에 영향 있을까요?

일주일에 15시간 이상 일하고 있는데, 회사에서 4대보험을 3.3%로만 적용해주고 계시다고 하네요. 연말정산을 신청해도 불이익이 없을까요? 국세청이 연말정산 시에 4대보험을 3.3%로만 적용한 세금을 따로 부과하거나 하는 일은 없을까요?