종소세 및 연말정산 소득공제에 대한 궁금증

사업자이자 직장인인데요. 연말정산은 근로소득을 기반으로 낸 세금을 계산하는데, 그 외에는 종소세 신고를 하죠. 소득공제에 대해 궁금한데요. 사업자의 종합소득세 신고도 연말정산처럼 여러 항목들이 소득공제 되는 건가요? 그렇다면, 제 경우에는 일반 생활비나 병원 비용, 신용카드 사용금액 등을 연말정산에서 소득공제 받는 것이 유리한지, 종소세 신고 때 소득공제를 받는 것이 유리한지 알 수 없을까요? 사업자 종소세 신고할 때 공제를 받으려면 사업자용 카드로 모든 지출을 해야 하는 건가요? 그렇다면 연말정산 시에는 소득공제가 대부분 사라지는 건가요?