전역 부사관의 연말정산 절차가 궁금합니다

25년 전역한 부사관인데, 전역 직후 취직을 하면서 연말정산을 어떻게 해야 할지 모르는데요. 간소화자료를 제출해야 하는데, 홈텍스를 이해하기 어렵습니다. 군 생활 때 받았던 것과 취직 후 받는 월급은 따로 처리되는 건가요? 회사에 얘기하면 처리를 도와주나요? 이에 대해 정말 감이 잡히지 않습니다. 도와주세요…!!