월세 세액공제 관련 궁금증

월세를 장기수선충당금을 제외하고 입금하면 세액공제가 어떻게 이루어지는지요? 예를 들어, 월세가 50만원이고 장기수선충당금 3만원을 포함하고 있어 집주인과 협의해 월 47만원을 입금할 경우 세액공제는 어떻게 적용되는 건가요?