월급과 추가수당 관련해서 궁금한 점

월급을 받으면서 추가수당에 대해 궁금증이 생겨서 글을 올립니다. 현재 4대보험을 들고 세전 250만원씩 받고 있는데, 매달 나오는 급여명세서를 보면 월급 안에 식대 20만원, 자차운전비 20만원이 포함되어 있는 것 같아요. 그런데 12월에는 연장근무를 14.5시간 했고, 1월달 명세서에는 통상시급이 15000원으로 나오는데 연장근무수당이 145,000원 정도로 나왔어요. 그래서 근무수당이 시급이 잘못 책정된 건 아닌지 궁금해서 여쭤봤더니, 월급에서 식대와 자차운전비를 제외하고 그냥 급여 250만원에 추가근무수당을 더해서 세금을 떼는 게 더 이득이라는데, 이 부분이 이해가 잘 안 가요. 사장님은 식대와 자차유지비를 뺀 급여를 주실 수 있다고 하는데, 어떻게 하는 게 맞는 걸까요..? 1월에 추가근무를 28시간 했을 때, 통상시급이 15000원으로 계산하면 세금을 제외한 급여가 42만원 정도 나올 텐데, 12월과 같이 처리된다면 28만원을 받게 될까요..?