연말정산 시 일부 항목 제외 가능한가요?

소규모 회사에 다니고 있는데, 연말정산 시 의료비나 기부금 같은 항목을 제외하고 싶습니다. 이런 경우, 일괄제공할 때 일부 항목을 제외할 수 있는 방법이 있을까요?