연말정산 시 이미 지급된 연차수당 등 일부 소득이 과세 대상으로 다시 정산되면서 차감이 발생할 수 있습니다. 퇴직금이 아닌 연차수당이나 기타 수당이 실제 지급 시점과 연말정산 신고 시점의 소득 처리 차이로 조정될 수 있기 때문입니다. 예를 들어, 연차수당을 미리 받았지만 연말정산에서는 총 소득 기준으로 세금을 다시 계산하므로 이미 받은 금액 일부가 차감되거나 정산 대상이 될 수 있습니다. 이 과정에서 세법상 소득 구분과 지급 시점 차이로 인해 100만원 차감이 발생한 것으로 보입니다. 따라서 급여 차감은 정상적일 수 있으며, 구체적인 내역은 연말정산 명세서와 회사 인사팀에 확인해야 합니다.