연말정산 관련 궁금증

현재 공공기관에서 근무 중이지만 건강 이유로 작년 9월부터 휴직 중이에요. 회사에서 연말 정산 문제로 연락이 왔는데, 간소화 신청을 못해서 5월에 종합소득세를 신고해야 한다고 하네요. 기본공제 없이 5월에 싹 다 신고해도 괜찮을까요? 기본공제를 회사에서 처리하지 않고 5월에 신고하면 문제가 될까요? 필요서류는 원천징수영수증과 공제서류만 제출하면 되는 걸까요?