양도세 환급 관련 문제

작년 8월에 아파트를 1억 오천만원에 손해를 보고 매각했습니다. 상가건물을 1억 5천만원에 손해를 보고 매입한 양도 손실이 발생했는데, 이를 상가건물의 양도이익과 합산하여 신고할 수 없다는 사실을 알게 되었습니다. 그 이유는 아파트는 3년 이상 보유하고 2년 이상 거주하여 양도소득세가 비과세인 주택이기 때문입니다. 세무사가 제시한 법적 근거를 살펴봐도 이해가 어렵고 명확한 해석이 없어서 추가 납부를 했습니다. 하지만, 작년 아파트 손실 금액을 올해 양도소득세 확정신고 시 합산 신고하여 환급을 받을 수 있는지 궁금합니다. 아니면, 추가로 납부한 7,000만원을 돌려받을 방법(조세 소송)이 있는지요? 유명한 세무법인을 통해 경험이 풍부한 세무사에게 상담을 받아 조세 환급 소송을 제기하면 추가 납부한 7,000만원을 환급받을 수 있을까요?