생애최초 주택 구입 후 세금 납부 문제

주택구입으로 취득세 감면을 받은 상황에서, 취득 후 30일 이내에 전입했고 현재 3년째 거주 중이시군요. 이제 아파트를 매각하게 되었는데, 취득일을 기준으로는 3년이 되었지만 전입 신고일을 기준으로는 3년이 되지 않는다고 하네요. 이런 경우, 세금을 다시 납부해야 할지 궁금한데, 실거주 3년 의무는 여전히 유지되는 걸까요? 혹시 세금에 대한 추가 납부가 필요한지 알려주시면 감사하겠습니다.