사업자 세금 공제에 대한 궁금증

세무대리인에게 맡기려 했지만 자녀 출생으로 인해 의문이 드는 사업자 세금 공제에 대한 질문입니다. 근로소득이 약 3,000만원이고 사업소득으로 인한 종합소득세는 약 300~400만원 정도인 상황입니다. 현재 카드 사용금액, 보험료, 주택자금 등을 포함하여 10억 이상의 자료가 있는 상태이며, 종합소득세는 약 300~400만원을 납부하고 연말정산 시 100% 환급을 받습니다. 작년부터 세액공제를 받기 위해 IRP 600만원씩을 납부하고 있고, 소상공인 공제부금으로 480만원을 납부 중입니다. 자녀 출생으로 자녀세액공제를 받기 위해 연말정산 또는 종합소득세 중 하나만 받을 수 있다는 이야기를 듣고, 종합소득세 때 신청하기로 결정했습니다. 작년 연말 정산 시 IRP 600만원을 추가로 부담했지만 종합소득세가 줄어들지 않아 의아했는데, 세무대리인과 상의한 결과 자녀공제는 연말정산과 종합소득세 둘 다 받을 수 있다고 하여 혼란스러워해 이곳에 질문을 올립니다. 종합소득세를 가장 효율적으로 절약할 수 있는 방법이 무엇인지 조언해 주시면 감사하겠습니다.