개인사업자 부가세 관련 질문

화물차(운수업)을 개인사업으로 운영 중입니다. 작년 8월에 영업용 화물차를 중고로 구입했는데, 조기환급신청을 하지 않았습니다. 1월에 부가세를 신고할 때 함께 환급받으려고 하는데, 화물차를 고정자산매입이 아닌 일반매입으로 처리해도 나중에 문제가 생기지 않을까요?