퇴사 후 연말정산 미처리 시 종소세 문제

작년 11월에 퇴사한 후 연말정산을 하지 못한 채 퇴사했습니다. 월세를 내는 중이어서 월세세액공제와 작년 환급액을 받고 싶습니다. 이를 위해 어떤 방법을 사용해야 할지 궁금합니다. 또한 홈텍스에서 근로소득 지급명세서를 확인했을 때 차감징수세액이 있는데, 회사에서 이미 처리했다면 회사에 연락하여 추가 처리를 요청하고 월세를 추가로 받아도 되는 걸까요?