종합소득세 신고 후 퇴사 예정 시 세금 환급은 어디서 받나요?

회사에서 하는 연말정산신고를 2월에 놓쳤다는데, 5월에 종합소득세 신고를 해야 한다고 하네요. 그리고 5월31일에 퇴사 예정이라고 합니다. 세금 환급은 회사에서 주는 건가요, 아니면 홈택스에서 받아야 하는 건가요?