조정지역 2년 미만 거주 후 발생한 양도차익과 세금 문제, 도와주세요...

조정지역(파주)에서 처음으로 신축 분양받아 2년 동안 실거주를 채우지 못하고 이사를 했습니다. 이사 전에 비과세 혜택을 받을 수 없다는 사실을 알고 있었고, 그래서 분양가에 빨리 처분하기로 결정했어요. 그 결과 약 500만원 정도의 양도차익이 발생했습니다. 세무사의 도움을 받지 않고 직접 행정 처리를 했는데, 취득세가 중복 청구되어 250만원(기본공제)을 제외한 나머지 250만원에 대해 60%의 세금이 부과되어 약 150만원을 다시 납부해야 한다는데, 이게 맞는 건지 의문입니다. 겨우 250만원의 차익이 생겼는데 이를 모두 세금으로 납부해야 하는 것이 맞을까요? 혹시 놓친 부분이 있는 걸까요? 이의를 제기할 수 있는 가능성이 있을까요? 도와주세요ㅠㅠㅠㅠ