연말정산 후 원천세 신고 관련 고민

연말정산 신고를 마친 지금, 환급 받아야 할 금액과 징수해야 할 금액이 각각 90만원과 60만원이 나왔어요. 그런데 문제는 징수 대상인 직원은 이미 퇴사한 상태이고, 환급 대상인 분은 아직 근무 중이라는 점입니다. 신고 결과, 2월에 20만원이 돈을 받아야 한다는 결과가 나왔는데요. 상사는 '환급받는 90만원은 어떤 돈으로 지급받을 것이며, 징수는 퇴사자가 해야 하는 것 아니냐'고 반문하며 혼란스러워 합니다. 세무서에서 안내받은 대로 대처했지만, 세무서 직원은 국세청 홈페이지를 참고하라고 하며 답답함을 호소합니다. 이 상황을 어떻게 처리해야 할 지 궁금해요.