근로소득지급명세서 제출이 지연되었습니다. 도움이 필요해요 ㅠㅠ

3월 10일까지 제출해야 했던 근로소득지급명세서를 아직 제출하지 못했어요. 다음 날 제출될 줄 알았는데, 계속해서 전산 시스템이 문제가 있었어요. 또한 법인세를 준비하느라 깜빡하고 있었습니다. 세무서에서 연락을 받아서 오늘 급히 이메일로 제출했어요. 보통 파일은 전산으로 작성해서 보내는데, 어떻게 보내야 하는지 잘 몰라서 먼저 직원분들의 원천징수영수증을 pdf 파일로 보냈어요. 이렇게 제출해도 괜찮을까요? 1년치 약 16억원이고, 가산세가 8,000,000원 이상 나올 것 같아 걱정이에요. 시말서와 사직서도 준비해야 할 것 같네요 ㅠㅠ 연말 근로지급명세서는 아직 신고하지 못했지만 원천세는 신고했습니다. 지난 달(1월 귀속)의 소득세에서 차감하지 못한 환급세액은 이번 달(2월 귀속) 소득세에서 차감해도 괜찮을까요? 도움 부탁드립니다.