식자재 면세 품목에 대한 매입세액 공제 관련 질문

식당을 운영 중인 개인사업자입니다. 부가가치세 신고와 관련하여 궁금증이 생겨 질문드립니다. 업장에서는 고기, 양파, 계란 등을 마트에서 구매하여 조리하고 있어 면세 식자재를 많이 사용하고 있습니다. 사업용 카드 등록도 완료되어 있고, 마트 영수증을 보면 거의 절반 정도가 면세 품목으로 표시되어 있습니다. 그런데 매출 대비 매입세액이 적게 반영되어 부가세를 많이 내야 하는 문제가 발생했습니다. 제가 궁금한 점은, 면세로 표시된 고기, 채소, 계란 등의 매입세액에도 공제를 받을 수 있는지, 그리고 주의해야 할 점이나 방법이 있는지 궁금합니다. 세무 전문가분들의 조언을 기다리겠습니다.